Протеин изолат са протеинови добавки, за които е характерно, че съдържанието им на белтъчини превишава 90%. Изолатите се получават чрез микрофилтрация или йонен обмен. Изолатите получени чрез микрофилтрация се смятат за най-чистата форма суроватъчен протеин. От белтъчините, извлечени чрез този процес, се отстраняват лактозата и мазнините с помощта на керамични филтри. След този процес протеина остава непокътнат, като не влиза в контакт с никакви химикали. Микрофилтрираният протеин изолат е на практика без мазнини и лактоза и има по-високо съдържание на белтъчини от суроватъчния концентрат. Лесно се усвоява, вкусен е и съдържа високо количество ВСАА аминокиселини с разклонена верига. Протеиновият изолат получен чрез йонен обмен отделя белтъчините въз основа на електронния им заряд.Също така се разтваря добре и не съдържа лактоза нито мазнини. Съдържа приблизително 5% повече белтъчини от микрофилтрирания изолат. Подходящ е за хора, които имат храносмилателни проблеми.